Структурных подразделений МКОУ "Кузьмищенская средняя общеобразовательная школа" не имеет.

Учредителем (собственником имущества) школы является муниципальное образование Костромской муниципальный район Костромской области. Права и обязанности Учредителя от имени муниципального образования Костромской муниципальный район Костромской области осуществляются администрацией Костромского муниципального района и отраслевыми (функциональными) органами администрации в соответствии с их компетенцией, определенной Уставом муниципального образования Костромской муниципальный район Костромской области, актами, устанавливающими статус этих отраслевых (функциональных) органов, и Уставом.

Учреждение находится в ведении управления образования администрации Костромского муниципального района Костромской области 
Управление школой осуществляется в соответствии с Законом "Об образовании Российской Федерации" и Уставом МКОУ Костромского муниципального района Костромской области "Кузьмищенская средняя общеобразовательная школа". 

Управление школой строится на принципах единоначалия и самоуправления. Исходя из целей, принципов построения и стратегии развития школы сложилась структура, в которой выделяются 4 уровня управления:
Первый уровень
1. Директор школы Степанова Татьяна Валентиновна,
т. (4942) 66-71-37, stepanovatvstepanova@yandex.ru - главное административное лицо, воплощающее единоначалие и несущее персональную ответственность за все процессы, происходящие в образовательной организации.
2. Совет школы является высшим органом коллегиального общественного самоуправления школы, реализующим принцип демократического, государственно-общественного характера управления образованием и представляет интересы всех участников образовательного процесса.
3. Педагогический совет - коллективный орган управления школой, который решает вопросы, связанные с реализацией программы развития школы, рассматривает проблемы, подготовленные методическим советом школы, администрацией школы, несет коллективную ответственность за принятые решения.
4. Общее собрание работников школы объединяет всех членов трудового коллектива. Оно решает вопросы, связанные с разработкой Коллективного договора, Правил внутреннего трудового распорядка работников, проектов локальных актов школы.

Второй уровень
Заместители директора школы по учебно-воспитательной работе:
Кузнецова Ольга Александровна, т. (4942) 66-71-37, JolobovaOA@gmail.com
Кошкина Ольга Викторовна, т. (4942) 66-71-37, olga.koshkina.63@mail.ru
Заместитель директора школы по ВР
 Смирнова Татьяна Павловна, т. (4942) 66-71-37, tat.gur@mail.ru
 Начальник хозяйственного отдела
 Смирнова Елена Николаевна, т. (4942) 66-71-37,  lenasmit77@mail.ru
 Каждый член администрации курирует определенное направление или подразделение учебно-воспитательной системы и выступает звеном опосредованного руководства директора образовательной системой. Его главная функция - согласование деятельности всех участников процесса в соответствии с заданными целями, программой, ожидаемыми результатами.

Третий уровень
Методические объединения учителей, возглавляемые их руководителями:
 Шильникова Н.В. - руководитель МО учителей начальных классов;
 Антоненко И.М.. . - руководитель микрогруппы учителей математики;
 Маркова Т.А.. - руководитель микрогруппы учителей русского языка и литературы;
Методическое объединение учителей начальных классов проводит методическую работу по предмету, организует внеклассную деятельность обучающихся, проводит анализ результатов образовательного процесса, имеет право выдвигать предложения по улучшению образовательного процесса, в своей работе подотчетно администрации школы.

Четвертый уровень
Обучающиеся, родители (законные представители) школьников. Органами управления являются Совет школы, который решает вопросы организации внешкольной и внеклассной работы, развития материальной базы школы, принимает участие в развитии учебного заведения, а также Совет старшеклассников (председатель Иутинская Ксения).